Diante dos objetivos e da diversidade de como os Ciclos de Progressão Escolar têm sido implantados nas redes de ensino no Brasil, duas críticas se destacam nas pesquisas analisadas: a opção de organização do ensino fundamental em dois ciclos e a ausência de uma proposta de reorientação curricular.
Eliminar a cultura da repetência, possibilita ampla discussão nas escolas sobre os tempos e espaços do processo ensino-aprendizagem, frente as dificuldades dos educandos.
A falta de preparo dos professores para a execução do programa, vem da não participação no processo de implementação do programa. Há também a crítica dos professores de que o programa não incentiva a avaliação da aprendizagem visto que os alunos são aprovados automaticamente.